Tradicionalni kultivar 'Varaždinski kupus' od velikog je gospodarskog i kulturnog značaja. Njegovim sjemenarstvom bavi se još samo nekoliko obiteljskih poljoprivrednih gospodarstava, uglavnom za vlastite potrebe. Komercijalno dostupno sjeme je stranog porijekla i upitne srodnosti. Srodnost je proučavana pomoću AFLP molekularnih markera za čije proučavanje su bile korištene četiri polimorfne početnice. Proučavano je pet populacija: Varaždinski kupus iz Nacionalne banke biljnih gena (Var), populacije Varaždinskog kupusa obiteljskih gospodarstava OPG Hladika (Hld), OPG Plantić (Pln), OPG Cafuk (Caf) i komercijalno dostupno sjeme talijanske sjemenske kuće „Vita Bella“ (Vit). Detektirano je ukupno 203 markera od čega ih je 174 (86%) bilo polimorfnih. Analizom molekularne varijance utvrđena je signifikantna razlika između proučavanih populacija (ΦST:0.21282; p<0.001). Najveći udio fenotipske varijance opada na variranje unutar populacija (78.72%). Analizom međupopulacijskih udaljenosti utvrđena je signifikantna razlika između svih ispitivanih populacija (p<0,05%). Najveća udaljenost utvrđena je između populacija Vit i Pln (0,23), a najmanja udaljenost utvrđena je između populacija Caf i Pln (0,09). Analizom glavnih koordinata utvrđeno je grupiranje individua proučavanih populacija Varaždinskog kupusa u dvije glavne skupine. Jednu skupinu čine individue populacija Vit, a drugu populacije Var, Hld, Pln i Caf. Rezultati istražvanja važan su doprinos u poznavanju genetske varijabilnosti populacija Varaždinskog kupusa koji se mogu iskoristiti za zasnivanje organiziranog sjemenarstva Varaždinskog kupusa u Republici Hrvatskoj.