Pogreške koje se dogode tijekom su: perforacija stijenke krune ili korijena, oblikovanje stepenice, slomljeni instrument u korijenskom kanalu, pogreške tijekom ispiranja kanala, ingestija instrumenta, aspiracija instrumenta, prepunjenje, podpunjenje i vertikalna fraktura korijena zuba. Kako ide tijek endodontske terapije tako se mogu dogoditi i njezine komplikacije. Perforacija stijenke krune dogodi se tijekom izrade pristupnog kaviteta, a perforacija stijenke korijenskog kanala tijekom instrumentacijske faze. Kod obje komplikacije bitno je poznavanje morfologije endodontskog prostora i napraviti preoperativni Rtg sa svrhom prevencije pogreške. Korištenje adekvatne tehnike instrumentacije i odgovarajućih instrumenata, uz preoperativni Rtg, također nam umanjuju mogućnost pogreške izrade stepenice. Lom instrumenta, relativno je česta i zahtjevna komplikacija koja se dogodi tijekom čišćenja i oblikovanja kanala. Zbog složenosti njezinog rješavanja postoje brojne metode koje zahtjevaju suvremene instrumente i pomoćna sredstva. Komplikacije koje se mogu dogoditi tijekom ispiranja kanala natrij hipokloritom su: protiskivanje tekućine preko apeksa, zračni emfizem, oštećenja oka i sluznice usta, te moguće alergijske reakcije. Ta vrsta komplikacije najčešće ne predstavlja velika oštećenja tkiva. Općenito, u dentalnoj medicini za prevenciju ingestija ili aspiracija instrumenta postoji dobro sredstvo, a to je gumena plahtica (rubber dam). U pogreške vezane uz punjenja kanala su prekratko ili prepunjen korijenski kanal. Revizija i ponovno punjenje do nove dužine punjenja izbor je terapije. Posljednja i teška pogreška je vertikalna fraktura korijena. Komplikacija se teško dijagnosticira, a njezina terapija je jednostavna , najčešće jedina metoda izbora je ekstrakcija