U fokusu istraživanja bioinformatike je analiza i prezentacija podataka dobivenih visoko-protočnim metodama kao što su biočipovi. Razlozi su višestruki. Visoko-protočnim metodama dobijemo mnoštvo podataka o prisutnosti, razini ekspresije i međudjelovanju elementa jednog sustava u cjelini (npr. stanice). Analiza pojedinih elemenata tog sustava je vrlo kompleksna te vrlo često nemoguća. Za analizu ovako dobivenih podataka i pridjeljivanje biološkog značenja tim podacima potrebno je znanje bioinformatike i statistike. Postojanje mnogih baza podataka koje pohranjuju različite podatke za pojedinačne gene dodatno otežava analizu. Zbog toga je bioinformatička grupa PMF-a razvila alat MADNet koji od korisnika ne zahtjeva znanje bioinformatike i statistike te mu prezentira rezultate na vizualno jednostavan način. MADNet integrira informacije pohranjene u različitim bazama podataka: NCBI, KEGG, TRANSFAC, DrugBank i EBI IntAct. Ovim istraživanjem, funkcionalnost MADNet-a je dodatno proširena analizom vremenski ovisnih pokusa, što može biti primijenjeno i na način da se odjednom učitaju podaci više tretiranih uzoraka. Na ovaj način korisnik može za svaki vremenski trenutak ili usporedni eksperiment, za svaki pojedini gen od interesa, usporediti njegovu ekspresiju na metaboličkim putovima ili grafovima interakcije, ali i promjenu ekspresije drugih gena povezanih s genom od interesa na istom metaboličkom putu.