Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije

Prišćan, Dominik

prikaz prve stranice dokumenta Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije

master's thesis

Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije

Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2024. urn:nbn:hr:217:473613

Prišćan, Dominik

University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Chemistry

Cite this document

APA 6th Edition

Prišćan, D. (2024). Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

MLA 8th Edition

Prišćan, Dominik. "Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2024. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Chicago 17th Edition

Harvard

Prišćan, D. (2024). 'Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 19 January 2025, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Vancouver

Prišćan D. Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2024 [cited 2025 January 19] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

IEEE

D. Prišćan, "Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2024. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Cite this item: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:473613

Please login to the repository to save this object to your list.

Metadata

Title	Frakcionacija složenih smjesa peptida na kationskom izmjenjivaču radi poboljšane identifikacije proteina spektrometrijom masa visoke rezolucije
Title (english)	Peptide fractionation by strong cation exchange chromatography for enhanced protein identification by high resolution mass spectrometry
Author	Dominik Prišćan
Mentor	Marko Močibob (mentor)
Committee member	Marko Močibob (predsjednik povjerenstva)
Committee member	Nives Galić (član povjerenstva)
Committee member	Đani Škalamera (član povjerenstva)
Committee member	Morana Dulić (član povjerenstva)
Granter	University of Zagreb Faculty of Science (Department of Chemistry) Zagreb
Defense date and country	2024-02-20, Croatia
Scientific / art field, discipline and subdiscipline	NATURAL SCIENCES Chemistry
Abstract	Danas je u proteomici za identifikaciju i kvantifikaciju proteina najviše zastupljena metoda temeljena na vezanom sustavu tekućinske kromatografije i tandemne spektrometrije masa, odnosno shotgun‒proteomika. Radi poboljšane identifikacije proteina, postupak može uključivati korak predfrakcionacije peptida. U sklopu ovog rada, napravljena je optimizacija koraka predfrakcionacije peptida, pri čemu je optimiziran gradijent elucije, sastav mobilne faze i broj prikupljenih frakcija. Također, optimizirano je trajanje kromatografskog odjeljivanja pomoću vezanog sustava tekućinske kromatografije i tandemne spektrometrije masa. Optimizirana metoda primijenjena je za predfrakcionaciju realnih uzoraka, pri čemu je metoda korištena za provjeru ekspresije dupliciranih gena za aminoacil‒tRNA‒sintetaze pronađenih u genomu H. aurantiacus i H. geysericola. Nadalje, metoda je korištena za provjeru ekspresije gena za proteine‒nosače i homologe aminoacil‒tRNA‒sintetaza pronađenih u genomu bakterija A. fabrum, B. diazoefficiens, B. thuringiensis 4AJ1 i 4CC1 te za analizu ekspresije gena koji pokazuju sinteniju s genima proteina‒nosača i homologa aminoacil‒tRNA‒sintetaza.
Abstract (english)	The modern proteomic analyses rely on the coupled system of liquid chromatography and tandem mass spectrometry for comprehensive peptide separation and identification. To further increase the number of identified peptides, improve the identification of proteins and their sequence coverage, the analysis workflow may include a step of pre‒fractionation of peptides. In this thesis, an optimisation of the peptide pre‒fractionation step was conducted, which included the optimisation of the elution gradient, the composition of the mobile phases and the number of fractions collected. In addition, the duration of the chromatographic step in the coupled liquid chromatography‒tandem mass spectrometry system was optimised. The optimised method was applied for the pre‒fractionation of authentic samples, wherein the method was utilized to verify the expression of duplicated genes for aminoacyl‒tRNA synthetases in the genomes of H. auratiacus and H. geysericola. Furthermore, the method was employed to determine the expression of genes for carrier proteins and homologues of aminoacyl‒tRNA synthetases in the genomes of the bacteria A. fabrum, B. diazoefficiens, B. thuringiensis 4AJ1 and 4CC1 as well as to analyse the expression of genes that show synteny with genes for carrier proteins and homologues of aminoacyl‒tRNA‒synthetases.
Keywords
Keywords (english)
Language	croatian
URN:NBN	urn:nbn:hr:217:473613
Study programme	Title: Graduate university studies in chemistry; specializations in: Graduate university studies in chemistry Course: Graduate university studies in chemistry Study programme type: university Study level: graduate Academic / professional title: sveučilišni/a magistar/magistra kemije (sveučilišni/a magistar/magistra kemije)
Type of resource	Text
File origin	Born digital
Access conditions	Open access
Terms of use
Repository	Repository of the Faculty of Science
Created on	2024-03-08 12:26:42