Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius  subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama

Šribar, Dora

prikaz prve stranice dokumenta Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama

master's thesis

Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama

Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science, 2016. urn:nbn:hr:217:197808

Šribar, Dora

University of Zagreb
Faculty of Science
Department of Biology

Cite this document

APA 6th Edition

Šribar, D. (2016). Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama (Master's thesis). Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

MLA 8th Edition

Šribar, Dora. "Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama." Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, 2016. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Chicago 17th Edition

Harvard

Šribar, D. (2016). 'Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama', Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, accessed 17 January 2025, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Vancouver

Šribar D. Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama [Master's thesis]. Zagreb: University of Zagreb, Faculty of Science; 2016 [cited 2025 January 17] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

IEEE

D. Šribar, "Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama", Master's thesis, University of Zagreb, Faculty of Science, Zagreb, 2016. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Cite this item: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:197808

Please login to the repository to save this object to your list.

Metadata

Title	Sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) iz podataka dobivenih tehnologijom sekvenciranja nanoporama
Title (english)	Genome assembly of endemic cave sponge (Eunapius subterraneus) using data obtained by nanopore sequencing technology
Author	Dora Šribar
Mentor	Kristian Vlahoviček (mentor)
Committee member	Kristian Vlahoviček (predsjednik povjerenstva)
Committee member	Sven Jelaska (član povjerenstva)
Committee member	Damjan Franjević (član povjerenstva)
Committee member	Dunja Leljak-Levanić (član povjerenstva)
Granter	University of Zagreb Faculty of Science (Department of Biology) Zagreb
Defense date and country	2016-02-22, Croatia
Scientific / art field, discipline and subdiscipline	NATURAL SCIENCES Biology
Abstract	Koljeno Porifera iz carstva životinja (Metazoa) obuhvaća preko 8000 znanstveno opisanih vrsta spužvi. Zbog svoje jednostavne građe spužve imaju važnu ulogu u razumijevanju rane evolucije i odnosa između ostalih koljena iz carstva Metazoa. Spužve su i dobri modelni organizmi za razumijevanje bioloških procesa u višim životinjama. Uz morfološke podatke, sve važniju ulogu imaju i genomski podaci. Za složeniju funkcionalnu genomiku Porifera potrebni su nam genomi više predstavnika koljena, međutim, sekvenciranje i sklapanje čitavog genoma spužvi i dalje predstavlja izazov. Ogulinska špiljska spužvica Eunapius subterraneus zbog svojih osobitosti predstavlja zanimljiv modelni organizam. Pomoću dostupnih genomskih knjižnica sklopila sam, a potom i procijenila kvalitetu sklopljenog genoma ogulinske špiljske spužvice. Pritom sam koristila algoritme temeljene na de Bruijnovim grafovima i metodi preklapanje-raspored-konsenzus te primijenila hibridni pristup pri sklapanju genoma pomoću dugačkih sljedova dobivenih sekvenciranjem na uređaju The Oxford Nanopore Technologies MinION. Korištenjem hibridnog pristupa pomoću sljedova dobivenih na uređaju Oxford Nanopore Technologies MinION nije primijećeno poboljšanje u sklopljenom genomu. Moguće poteškoće u sastavljanju genoma predstavljaju onečišćenja, repetitivne sekvence i visoka heterozigotnost. Potrebna su daljnja istraživanja na području genomike Porifera.
Abstract (english)	Porifera, a phylum within the Kingdom Animalia (Metazoa), consists of more than 8000 species of sponges. Owing to their simple morphology, sponges have an important role in understanding the early evolution and relationship between different phyla within the kingdom Animalia. Furthermore, sponges represent good models for biological processes in higher animals. Morphological features are becoming insufficient and we need more genomic data from different species within Porifera. However, the entire process of genome sequencing and assembly of Porifera still remains the challenge. Endemic cave sponge Eunapius subterraneus is an interesting model organism due to its unusual characteristics. Using various genomic libraries I conducted genome assembly and subsequent evaluation of the assembled genome of Eunapius subterraneus. I used various approaches based on both de Bruijn graphs and the Overlap-Layout-Consensus and conducted hybrid assembly using long reads obtained from the Oxford Nanopore Technologies MinION device. The hybrid assembly did not yield any improvement. Low assembly quality could be consequence of potential contamination, repetitive sequences and high heterozigosity rate. Further research of Porifera genomic is needed.
Keywords
Keywords (english)
Language	croatian
URN:NBN	urn:nbn:hr:217:197808
Study programme	Title: Molecular Biology Study programme type: university Study level: graduate Academic / professional title: magistar/magistra molekularne biologije (magistar/magistra molekularne biologije)
Type of resource	Text
File origin	Born digital
Access conditions	Open access
Terms of use
Repository	Repository of the Faculty of Science
Created on	2017-05-12 11:28:36