Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding

Koren, Rajna

prikaz prve stranice dokumenta Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding

Pristup korisnicima matične ustanove

završni rad

Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding

Rijeka: Sveučilište u Rijeci, 2019. urn:nbn:hr:193:043134

Koren, Rajna

Sveučilište u Rijeci
Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova

Citirajte ovaj rad

APA 6th Edition

Koren, R. (2019). Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding (Završni rad). Rijeka: Sveučilište u Rijeci. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

MLA 8th Edition

Koren, Rajna. "Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding." Završni rad, Sveučilište u Rijeci, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Chicago 17th Edition

Harvard

Koren, R. (2019). 'Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding', Završni rad, Sveučilište u Rijeci, citirano: 24.04.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Vancouver

Koren R. Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding [Završni rad]. Rijeka: Sveučilište u Rijeci; 2019 [pristupljeno 24.04.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

IEEE

R. Koren, "Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding", Završni rad, Sveučilište u Rijeci, Rijeka, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.

Podaci o radu

Naslov	Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding
Naslov (hrvatski)	Analiza strukturnih promjena DNA-DNA metiltransferaza 1 kompleksa tijekom vezivanja pomoću molekularne dinamike
Autor	Rajna Koren
Mentor	Željko Svedružić (mentor)
Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj	Sveučilište u Rijeci (Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova) Rijeka
Datum i država obrane	2019-09-23, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana	BIOTEHNIČKE ZNANOSTI Biotehnologija
Sažetak	Background: DNA methylation is the first and most enduring epigenetic mark, that acts as a fundamental mechanism in functional organization of human genome. Inhibitors and activators of DNA methylation can be used for genetic reprogramming of differentiated cells, or as tools for gene expression analysis. DNA substrates with guanine replaced by inosine at the target site showed an amazing 30 fold activation in methylation activity. Activation of mammalian DNA methyltransferase (Dnmt1) by inosine at the target base site was explored at the enzyme structure level in attempt to design activators of DNA methylation as novel drug-candidates. Results: Coarse grained molecular dynamics simulations showed that mouse DNA methyltransferase forms unusual guanine-guanine base pair that can stabilize the catalytic complex. The stabilizing complex breaks down when the guanine at the target site is replaced by inosine. Principal component analysis with Bio3D application showed that the stability of the active site structure can affect Zn-finger rich domain that is distant from the active site. Conclusion: Structural changes in Dnmt1-DNA complex showed that Zn-finger rich domains participate in stabilization of enzyme-DNA complex. The Zn-finger rich domain will be targeted in the future in silico drug design protocols in an attempt to design novel activators of DNA methylation in human cells.
Sažetak (hrvatski)	Pozadina: DNA metilacija je prvi i najtrajniji epigenetički biljeg koji služi kao temeljni organizacijski mehanizam za ljudski genom. Inhibitori i aktivatori DNA metilacije mogu se koristiti za gensko reprogramiranje diferenciranih stanica ili kao alat za analizu genske ekspresije. Zamjena DNA supstrata s gvaninom, s DNA supstratom koji sadrži inozin na ciljnom mjestu pokazao je 30 puta veću aktivnost metilacije. Aktivacija DNA metiltransferaze 1 (Dnmt1) sisavaca od strane inozina na ciljnom mjestu istražena je na razini strukture enzima kako bi se potencijalno dizajnirali aktivatori DNA metilacije kao kandidati za nove lijekove. Rezultati: Simulacije molekularne dinamike koje koriste grubi model molekula pokazale su da mišja DNA metiltransfraza formira neobične gvanin-gvanin bazne parove koji mogu stabilizirati katalitički kompleks. Taj stabilizirajući kompleks se raspadne kada je gvanin zamjenjen s inozinom na ciljnom mjestu. Bio3D analiza komponenata pokazala je da stabilnost strukture aktivnog mjesta može utjecati na domenu bogatu “Zn-prst“ strukturama koja je udaljena od aktivnog mjesta. Zaključak: Strukturne promjene u DNA-Dnmt1 kompleksu pokazale su da domene bogate “Zn-prst“ strukturama sudjeluju u stabilizaciji enzim-DNA kompleksa. Domene bogate “Zn-prst“ strukturama predstavljaju potencijalne mete za buduće in silico protokole dizajna lijekova kako bi se dizajnirali novi aktivatori DNA metilacije u ljudskim stanicama.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezik	engleski
URN:NBN	urn:nbn:hr:193:043134
Studijski program	Naziv: Biotehnologija i istraživanje lijekova Vrsta studija: sveučilišni Stupanj studija: preddiplomski Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica biotehnologije i istraživanja lijekova (univ. bacc. biotechn. et pharm. inv.)
Vrsta resursa	Tekst
Način izrade datoteke	Izvorno digitalna
Prava pristupa	Pristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenja
Repozitorij	Repozitorij Fakulteta biotehnologije i razvoja lijekova
Datum i vrijeme pohrane	2019-11-05 11:35:04

Nacionalna i sveučilišna knjižnica u Zagrebu

Dabar