Tema ovog završnog rada jest analiza strukture i tehničkih karakteristika superračunala BURA. U uvodnom dijelu objašnjeni su osnovni pojmovi koji se vežu uz high performance computing (HPC), navedeni su razlozi obrade podataka na superračunalu, opisane tehnike primjene supercomputinga, te izložene osnovne hardverske karakteristike BURE. U razradi teme nalazi se praktični dio završnog rada koji se sastoji od benchmarking testiranja1 aplikacije NAMD po definiranim parametrima na superračunalu BURA. Nakon dobivenih rezultata na BURI, bilo je potrebno napraviti usporedbu s procijenjenim izračunima vremena izvršavanja NAMD aplikacije (pod istim parametrima) na običnom PC računalu tj. jednom čvoru superračunala BURA. Program NAMD smo odabrali jer je izvediv na širokom spektru platformi – raznim grozdovima2 (engl. clusters) i superračunalima te se može postići skalabilnost3 (engl. scalability) na tisućama procesora. NAMD je prijenosna, paralelna aplikacija za biomolekularne simulacije koja se zasniva na hibridnoj tehnologiji dekompozicije prostora i snage (engl. force). Naime odabrali smo tri benchmarka iz programa NAMD (apoa1, f1atpase i stmv) te smo ih pokretali na različitom broju čvorova/računala (engl. cores) na BURI. Vrijeme izvođenja pojedinog benchmarka na određenom broju čvorova nam je bio najbitniji kriterij radi ocjene skaliranja superračunala. Dakle, zanimalo nas je da li će se sa povećanjem broja čvorova superračunala postupno smanjivati vrijeme izvođenja (linearno skaliranje) određenog benchmarka.