diplomski rad
Ekspresija gena staničnog odgovora u mre11-2 mutantnoj liniji Arabidopsis thaliana (L.) nakon indukcije dvolančanih lomova DNA Bleomicinom

Mia Rakušić (2016)
Sveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Odjel za biologiju
Podaci o radu
NaslovEkspresija gena staničnog odgovora u mre11-2 mutantnoj liniji Arabidopsis thaliana (L.) nakon indukcije dvolančanih lomova DNA Bleomicinom
AutorMia Rakušić
Voditelj/MentorIvica Šamanić (mentor)
Sažetak rada
Protein Mre11, u okviru kompleksa Mre11-Rad50-Nbs1/Xrs2 (MRN/X), ima važnu ulogu u popravcima dvolančanih lomova DNA svih do sada istraživanih organizama, od bakterija do čovjeka. U cilju istraživanja te specifične uloge proteina Mre11 u biljne modelne vrste Arabidopsis thaliana (L.), uspoređena je ekspresija gena MRE11 i drugih gena staničnog odgovora, nakon izazivanja dvolančanih lomova DNA bleomicinom. Usporedna analiza ekspresije ciljanih gena urađena je kod mutantne liniji mre11-2 s insercijom T-DNA u 19. egzonu i kod biljaka divljeg tipa, ekotipova Columbia [Col-0] i Wassilewskija [Ws]. Metodom RT-PCR ukupna biljna RNA prevedena je u cDNA koja je poslužila kao kalup za umnažanje gena metodom PCR. Umnoženi geni su potom naneseni na agarozni gel kako bi se mogla odrediti približna ekspresija tih gena kod različitih uzoraka. U mutanata mre11-2 tretiranih bleomicinom rezultati RT-PCR-a pokazali su smanjenu transkripciju gena CYCB1;1, biljega faze G2/M staničnog ciklusa, te gena ključnih za popravak DNA (BRCA1, RAD51, PARP1), za razliku od povećane ekspresije tih gena kod biljaka divljeg tipa. Ekotipovi Columbia i Wassilewskija pokazuju podudaran obrazac ekspresije gena staničnog odgovora. Smanjena ekspresija gena staničnog odgovora u mutantnoj liniji Atmre11-2 potvrđuju važnost cjelovitosti Mre11 proteina za normalni odgovor stanice na dvolančane lomove DNA.
Ključne riječiMRE11 mre11-2 Arabidopsis thaliana bleomicin DSB
Naslov na drugom jeziku (engleski)Expression of damage response genes in mre11-2 mutant line of Arabidopsis thaliana (L.) after inducing DNA double strand breaks with Bleomycin treatment
Povjerenstvo za obranuIvica Šamanić (predsjednik povjerenstva)
Jasna Puizina (član povjerenstva)
Željana Fredotović (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila akademski/stručni stupanjSveučilište u Splitu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Ustrojstvena jedinica niže razineOdjel za biologiju
MjestoSplit
Država obraneHrvatska
Znanstveno područje, polje, granaPRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Vrsta studijasveučilišni
Stupanjdiplomski
Naziv studijskog programaBiologija i kemija; smjerovi: nastavnički
Smjernastavnički
Akademski / stručni nazivmagistar/magistra edukacije biologije i kemije
Kratica akademskog / stručnog nazivamag. educ. biol. et chem.
Vrsta radadiplomski rad
Jezik hrvatski
Datum obrane2016-09-22
Sažetak rada na drugom jeziku (engleski)
Mre11 protein, a part of the MRE11-RAD50-Nbs1/Xrs2 (MRN/X) complex, plays an important role in the repair of DNA double strand breaks in all organisms studied so far, from bacteria to human. In order to investigate this specific role of MRE11 in plant model species Arabidopsis thaliana (L.), we compared the expression of MRE11 gene and other DNA damage response genes, after DSB induction by bleomycin treatment. For comparison, we performed an analogous expression analysis in the mre11-2 mutant line with T-DNA insertion in the 19th exon and in the wild type ecotypes Columbia [Col-0] and Wassilewskija [Ws]. Using RT-PCR, total plant RNAs were transformed into cDNA, which served as a template for PCR gene amplification. These genes are then loaded into an agarose gel to determine the gene expression in various samples. In bleomycin treated mre11-2 mutant, RT-PCR showed reduced transcription of G2/M-specific CYCB1;1 marker gene and key DNA damage repair genes (BRCA1, RAD51, PARP1) in contrast with the increased expression of these genes in wild plants. Columbia and Wassilewskija ecotypes showed similar expression of genes involved in cellular stress response. Expression of DNA damage response genes in the Atmre11-2 mutant line confirms the importance of full length Mre11 protein for normal cell response to DNA double strand breaks.
Ključne riječi na drugom jeziku (engleski)MRE11 mre11-2 Arabidopsis thaliana bleomycin DSB
Vrsta resursatekst
Prava pristupaRad dostupan samo djelatnicima i studentima matične ustanove
Uvjeti korištenja radahttp://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/
URN:NBNhttps://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:166:035137
PohranioKatarina Žužić