Potočna pastrva (Salmo trutta Linnaeus, 1758) je slatkovodna riba iz porodice Salmonidae koja predstavlja gospodarski važnu vrstu te je najintenzivnije korištena slatkovodna riba na svijetu. Stoga je kontradiktorno da je njena taksonomija nesređena, kako u Hrvatskoj, tako i u svijetu, te se često naziva „sramotom europske ihtiologije“. Cilj ovog istraživanja bio je: morfološko opisivanje filogenetskih linija, utvrđivanje nukleotidnih pozicija i morfoloških svojstava koje predstavljaju fiksne, pouzdane determinacijske značajke pojedinih filogenetskih linija, te opisivanje morfološke i genske raznolikosti unutar pojedinih filogenetskih linija, a sve u svrhu rješenja taksonomskog statusa potočne pastrve i na kraju zaštite same vrste. Kako bi se utvrdili srodstveni odnosi među populacijama unutar Hrvatske, provedena je filogenetska rekonstrukcija koja se temeljila na sekvencama gena za citokrom b pomoću metode najveće parsimonije, metode najveće vjerojatnosti i metode susjednog povezivanja. Za proučavanje morfologije koristila se deskriptivna statistika, analiza varijance i analiza glavnih komponenti, dok se za analize na molekularnoj razini koristila p-udaljenost i molekularna dijagnostika. Ovim se metodama utvrdilo da na području Hrvatske obitava minimalno 4 filogenetske linije koje se međusobno razlikuju u velikom broju mutacija i nukleotidnih dijagnostičkih mjesta, dok je morfološki dio istraživanja potvrdio da se radi o veoma prilagodljivoj i plastičnoj vrsti s velikim brojem morfotipova.