Dugotrajni period mira između Mletačke Republike i Osmanskoga Carstva prekinut je ratom za Kretu, koja je predstavljala rupu u mozaiku na osmanskome dijelu istočnog Mediterana. Tako je rat zapravo postao neizbježan za Mlečane, koji su svim silama pokušali izbjeći sukob no 1645. godine otpočeo je dugotrajni rat. Operacije na Mediteranu bile su u prvome planu dok je sporedna bojišnica bila Dalmacija gdje je rat ozbiljno počeo godinu dana kasnije. Dalmacija je bila sporedna pokrajina za obadvije sile te su se u skladu s time odvijale i rijetke velike vojne akcije. Rat se u konačnici sveo na morlački način borbe odnosno na manje vojne pohode koje su imale pljačkaški karakter. Morlaci, kršćanski podanici sa osmanskoga područja su tijekom rata, posebno u prvim godinama rata kada su Mlečani imali više konkretnih uspjeha, u velikom broju pristizali na područje mletačke Dalmacije. Oni su odigrali jednu bitnu ulogu u ovome ratu jer su pomogli Mlečanima u borbi protiv neprijatelja dok su sa druge strane popravili demografsku sliku, koju su rat i epidemija kuge pokvarili. Rat je trajao 24 godine i u konačnici je završio mletačkim porazom, Kreta je uz iznimku nekoliko manjih utvrda, pala u osmanske ruke, kao i grčki posjedi no u Dalmaciji je situacija bila drugačija. Mlečani su 1648. godine osvojili važnu stratešku utvrdu i sjedište kliškoga sandžaka Klis, koji je i nakon mirovnog ugovora uz još okolna manja mjesta, prešao u mletačke ruke. Osmanlije su se zadovoljile ratnim uspjehom, eliminirali su staru konkurenciju na moru dok su Dalmaciji izgubili važno uporište ali i načeli daljnju borbu sa sada već starim podanicima, Morlacima. Tako su Mlečani ipak profitirali u Dalmaciji gdje su povećali svoj posjed no gubitak svoje najdragocjenije kolonije nije se mogao nadomjestiti. Mlečani su također dobili nove doseljenike koji će u budućnosti postati veoma važan vojni i društveni element razvoja i širenja mletačke Dalmacije.